微波的頻譜很寬，微波和紫外線都屬于電磁波，微波的波長范圍0.1㎝～1m，紫外線的波長范圍是50～4000nm。常利用電磁波的微波段和紫外波段殺菌。實踐證明工業微波設備紫外線在波長為240 nm～280nm范圍具有殺菌功能，尤其在波長為253.7nm的紫外線殺菌作用強。
    、成蟲、病毒生物體與任何生物細胞一樣，是由水、蛋白質、核酸、碳水化合物、脂肪和無機物等復雜化合物構成的一種凝聚態介質。其中水是生物細胞的主要成分，含量在75～85％，因為的各種生理活動都 有水參與才能進行。在工業微波設備的作用下微生物會呈現出的生物效應性，這些效應分為熱效應和非熱效應。在殺菌過程中就是利用這些效應來消滅微生物和 微生物的。
    在工業微波設備電磁波的作用下，微生物體內的水吸收強度的能量后，使具有偶極矩的水分子隨外界電磁場的變化而震動，當足夠的電磁能轉化為分子無規則運動的熱能后，水溫升高，使氫鍵斷裂，微生物體內分子內部結構和性質發生變化，一般認為蛋白質的二級結構和三級結構有了改變或遭到破壞，也就是微生物體內蛋白質的變性反應，從而導致細胞死亡，達到滅毒的效果，這就是利用工業微波設備電磁波的熱效應。